Biblioteca temática enfocada en la historia, teología, ética y filosofía protestante. Cuenta también con fondos bibliográficos de otras religiones, así como una nutrida hemeroteca y archivos histórico y vivo de la evolución que la federación (antes Comisión de Defensa) ha venido desarrollando, a favor del protestantismo español, en los últimos cincuenta años.

La Biblioteca es de consulta y está a disposición de todos aquellos profesores, investigadores y estudiantes que previa cita deseen acceder a los fondos con el propósito del estudio o la investigación.